现状
中华凤头燕鸥在国际自然及自然资源保护联盟的红色名录上列为“极危”。它的种群数量极低（不足50只），而已知繁殖地只有两处。
威胁
人类的侵害和干扰是对中华凤头燕鸥最大的威胁。
在东亚沿海，有采集海鸟蛋食用的风气，所以本区很少看到大量海鸟集中繁殖的地区。马祖因为自五十年代开始就是军事禁区，所以成了一个特例，仍旧有大量的海鸟繁殖。
在这些海鸟繁殖的岛屿上，外来的天敌如老鼠等会偷食鸟蛋和雏鸟，所以对繁殖种群可能会构成大害。
其他因素如污染和过度捞捕鱼类，对中华凤头燕鸥也有很大的影响。在2008年夏天，福建发现一只中华凤头燕鸥下喙插穿一个小塑料管，不能进食，保护团体尝试营救这只燕鸥但不成功，它的命运不明。这就是保护团体感到惋惜的“小管事件”。
因为中华凤头燕鸥的数量极低，反常的自然灾害如超级强劲的台风，或者鸟类的传染疾病，就有可能把整个群体一下的摧毁，所以保持几个稳定的群体，对它的长久维持存活至为重要。
它是亚洲最濒危的动物之一，可是一般大众对它一无所知，这也对实施保护工作增加了障碍。
