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繁殖地はいちど開発されてしまうと再生は困難です。谷や沢沿い、河岸段丘に広がる林をV 字形の地形ごと保全することが重要です。また、繁殖地には、スギ・ヒノキなどの針葉樹、ミズキ・ケヤキなどの落葉樹、カシ類などの常緑樹、竹林が混生またはパッチ状に生育していることが大切です。このような場所には、トウキョウサンショウウオ、モリアオガエル、サワガニなど多様な生物がみられます。
ミゾゴイの繁殖地を保全することは、地域の在来の自然＝里山を守ることにほかなりません。とくに、繁殖地の多くは民有地であることが多いため、民有地を買い上げ保全地域に指定するなど、早急な対策が望まれます。
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